Таможенная экспертиза позволяет найти ответы на ряд существующих вопросов. Так, выясняется код товара, страна, где он был произведен, предполагаемая цена. Осуществляется идентификация продукции, анализируется химическая и физическая структура, вид, марка и уровень качества, технология, согласно которой изготавливается продукт, применяемое сырье, устанавливаются нормы выхода товара при переработке сырья. Кроме того, таможня проводит оценку, определяющую, относится ли объект наркотическим средствам, ядовитым или сильнодействующим веществам, является ли он экологически и эксплуатационно безопасным, может ли иметь историческую, художественную или археологическую ценность.
От целей таможенной экспертизы зависит и ее вид. Она бывает идентификационной, материаловедческой, сортификационной, химической, товароведческой, технологической, экологической, искусствоведческой и т.д. Как правило, подобная процедура проводится таможенных лабораториях согласно решению таможенных или других правоохранительных органов. Основанием для таможенной экспертизы является уголовное и гражданское дело, тяжба в арбитражных судах, дела о преступлении таможенных правил и проведение таможенного контроля и оформления. Кроме того, исследования осуществляются по просьбе государственных органов, фирм, учреждений, предпринимателей и обычных лиц, если их дело не связано с вышеперечисленными условиями. От этого зависит и оплата труда. В первом случае таможенную экспертизу финансирует Государственный таможенный комитет РФ, во втором заключаются договора с заинтересованными лицами.
Главнейшим структурным подразделением всей службы является Московская таможня. Она была образована в январе 1990 года для обеспечения целого ряда аспектов хозяйственной деятельности аппарата ГУ ГТК и таможен СССР. В первой половине 1990-х годов произошло стремительное расширение инфраструктуры Центральной таможни – так, образовалось Региональное таможенное управление по эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры и социальному развитию. В 1996 году Центральная таможня РФ и приняла свой нынешний вид. Ее возглавил на данный момент бессменный руководитель Геннадий Терновский. На данный момент Центральная базовая таможня – а именно так и называется сейчас это учреждение – включает в себя более тридцати подразделений. Здесь работает более полутора тысяч человек. В качестве приоритетных направлений Центральная таможня избрала материально-техническое снабжение деятельности таможенных органов и учреждений системы ФТС РФ, размещенных в регионе её работы, анализ целесообразности будущих капитальных вложений, проектирование и возведение объектов инфраструктуры таможни социального направления, их использование и реставрация, обеспечение транспортом, организация его эксплуатации и починки, осуществление программ социального развития таможенных объектов.
Говоря об объектах таможенной инфраструктуры, обязательно следует упомянуть акцизную таможню. Она, равно как и другие подобные органы, делает возможным поступление платежей и пошлин в бюджет РФ. Кроме того, акцизная таможня осуществляет продажу марок акцизного сбора тем, кто ввозит в страну товар, и обеспечивает контроль над употреблением этих марок. Этот объект производит оформление и контролирует импорт подакцизной продукции. Так, в перечень объектов, подлежащих экспертизе акцизной таможни, входят алкогольные напитки, кофе, табачные изделия, некоторые транспортные средства - автомобили и мотоциклы с мощностью двигателя более 150 л. с., моторные масла для дизельных и карбюраторных моторов, парфюмерия, косметическая продукция и др.